La Sierra Norte de Guadalajara tiene también una gran importancia por sus comunidades de fauna. Entre las que destacan la comunidad de rapaces rupícolas, con poblaciones de águila perdicera, entre otras, así como otros grupos de aves en los que destacan especies asociadas al hábitat de alta montaña, como el pechiazul, el acentor alpino, el roquero rojo o el alcaudón dorsirrojo, entre otras.
En el grupo de los mamíferos son destacables el corzo, la musaraña ibérica, el topillo nival, diversas especies de quirópteros forestales y rupícolas, la nutria, la garduña, el tejón, el gato montés y la gineta.
En el grupo de los reptiles destacan el lagarto verdinegro, la lagartija roquera o la culebra lisa europea. En el de los anfibios, la presencia de la salamandra común y el tritón jaspeado. Y en el de peces, las poblaciones de trucha, con ecotipos no contaminados genéticamente. Finalmente, en el grupo de los invertebrados se puede citar el ciervo volante y los lepidópteros Graellsia isabelae, Parnassius apollo o Nymphalis antiopa, entre muchas otras especies.
Mamíferos
El lobo ibérico, después de varios años, vuelve a estar presente en las montañas del parque natural de la Sierra Norte de Guadalajara.
El grupo de los mamíferos está bien representado en parque natural. Destaca el desmán ibérico, especie en grave peligro de extinción de la que existen citas en el ámbito del parque natural pero cuya presencia está por confirmar. Asimismo hay que destacar la recolonización del territorio por el lobo ibérico. El resto de las poblaciones de carnívoros presente un buen estado de conservación, destacando la nutria en proceso de expansión. La presencia de visón americano, un especie exótica invasora, esta causando problemas. Es importante resaltar la diversidad de las poblaciones de quirópteros, que incluyen el 76% de las especies presentes en España, con especies catalogadas como el murciélago ratonero gris, el murciélago ratonero forestal, el murciélago ratonero grande, el murciélago ratonero mediano, el murciélago de montaña, el murciélago de bosque, el murciélago orejudo dorado, el murciélago grande de herradura, el murciélago pequeño de herradura y el murciélago mediterráneo de herradura. Otras especies catalogadas presentes en el área son el topillo nival y el topillo de Cabrera.
Otras especies de mamíferos presentes en el parque natural de la Sierra Norte de Guadalajara son:
- Insectívoros: musaraña gris, musgaño enano, musaraña ibérica, musgaño de Cabrera, topo ibérico y erizo europeo.
- Quirópteros: murciélago ratonero bigotudo, murciélago ratonero pardo, murciélago ratonero ribereño, murciélago común, murciélago de Cabrera, murciélago de borde claro, nóctulo mediano, nóctulo pequeño, nóctulo gigante, murciélago de huerta, murciélago orejudo gris, murciélago de cueva y murciélago rabudo.
- Roedores: topillo de campo, topillo lusitano, topillo mediterráneo, rata de agua, ratón de campo, ratón casero, ratón moruno, rata parda, rata negra, lirón careto y ardilla roja.
- Lagomorfos: liebre ibérica y conejo.
- Carnívoros: zorro, comadreja, turón, garduña, tejón, gineta y gato montés.
- Artiodáctilos: jabalí y corzo.
Aves
Las aves son el grupo faunístico de vertebrados más diverso de la zona, contando con poblaciones de especies residentes y reproductoras, invernantes y especies en pasos migratorios. Esta riqueza se debe tanto a la diversidad de hábitat presentes como a su buen estado de conservación.
Destacan las poblaciones de aves rapaces, tanto las forestales como las rupícolas. Entre las especies forestales destacan el abejero europeo, que se ha confirmado como nidificante con un mínimo de 10 parejas, el alcotán europeo con 45 parejas, el azor común estimándose la población en 45 parejas, el gavilán común con 90 parejas, el culebrera europea con 30 y el aguililla calzada con unos 50 territorios ocupados. Como especies rupícolas aparecen el águila-azor perdicera con 3 parejas, el águila real con un mínimo de 13 territorios ocupados, el halcón peregrino con 14 parejas nidificantes, el alimoche con 2-3 parejas y pequeñas colonias de buitre leonado.
Se han obtenido algunas citas de cigüeña negra en paso, avistada en pastizales encharcados en el río Lillas y en el collado del Puerto del Infante, dentro del hayedo de Tejera Negra; en el Mojón Cimero; en los ríos Berbedillo y de Navahonda, en El Cardoso de la Sierra, y en el río Jarama por Alpedrete de la Sierra.
El buitre negro utiliza la sierra de Ayllón como área de campeo, siendo habitual que forme parte de bandos de buitre leonado. Sin embargo, no es una especie reproductora en la zona.
Se enumeran a continuación otras especies presentes en el territorio según el ambiente faunístico que las albergue:
- Aves rupícolas: Búho real, chova piquirroja, avión roquero, roquero rojo, roquero solitario, treparriscos, colirrojo tizón, collalba negra y golondrina dáurica.
El busardo ratonero está presente en las zonas boscosas de del parque.
- Aves asociadas a hábitats boscosos: La comunidad de aves asociada a estos medios es abundante y esta muy diversificada. Aparecen especies como el busardo ratonero, el pito real, el pico picapinos, la totovia, el zorzal charlo, la curruca mosquitera, el mosquitero papialbo, el carbonero común, el carbonero garrapinos, el agateador común, el arrendajo, el pinzón vulgar, el pinzón real, el verdecillo, el piquituerto, el papamoscas cerrojillo, el papamoscas gris, el trepador azul, el cuco, el autillo y el búho chico.
- Aves asociadas a medios acuáticos y riberas: Destaca la presencia de mirlo acuático, con una población bien conservada. Otras especies son el somormujo lavanco, el ánade real, la polla de agua, el andarríos chico, la lavandera boyera, la lavandera cascadeña, la oropéndola, el chorlitejo chico y el rascón.
- Aves asociadas a pastizales alpinos, matorrales y cultivos: Cernícalo vulgar, perdiz roja, abubilla, terrera común, alondra común, cogujada montesina, cogujada común, bisbita alpino, lavandera blanca, acentor común, collalba gris, collalba rubia, curruca rabilarga, curruca carrasqueña, curruca mirlona, curruca zarcera, curruca capirotada, alcaudón dorsirrojo, alcaudón real, alcaudón común, estornino negro, picogordo, chotacabras gris, escribano hortelano, escribano soteño y escribano montesino.
Otras aves en expansión en parque natural de la Sierra Norte de Guadalajara son el rabilargo, el gorrión molinero y el cormorán grande. Entre las invernantes destacan la garza real, el lúgano, el esmerejón, el mirlo capiblanco, el escribano cerillo y el avefría. Como aves en paso destacar el zarapito trinador, la grulla común, el combatiente, el cernícalo patirrojo, la tarabilla norteña y la carraca
Reptiles
Entre los reptiles hay que destacar las poblaciones de lagarto verdinegro, especie amenazada y actualmente en regresión. Otras especies de reptiles presentes en el parque natural son la culebrilla ciega, la salamanquesa común, el eslizón tridáctilo, el eslizón ibérico, el lagarto ocelado, la lagartija ibérica, la lagartija roquera, la lagartija colirroja, la lagartija colilarga, la lagartija cenicienta, la culebra lisa europea, la culebra lisa meridional, la culebra de escalera, la culebra bastarda, la culebra viperina, la culebra de collar y la víbora hocicuda.
Anfibios
La sierra de Ayllón es una de las zonas más meridionales donde habita la rana patilarga.La comunidad de anfibios de el parque natural esta diversificada, aunque hay que destacar la escasez de las especies de urodelos, como por ejemplo, la salamandra común, el gallipato o el tritón jaspeado. Se ha constatado la presencia de rana patilarga. Otras especies catalogadas presentes son el sapo partero ibérico, el sapillo moteado y la ranita de San Antonio.
Otras especies presentes en el parque natural son el sapo partero común, el sapillo pintojo, el sapo de espuelas, el sapo común, el sapo corredor y la rana común.
El sapillo pintojo meridional es otra especie que puede estar presente en la zona, aunque no se ha localizado en los estudios previos.
Peces
En general, la comunidad piscícola de los ríos y arroyos del parque natural de la Sierra Norte de Guadalajara se caracteriza por estar poco diversificada y presentar pocos elementos alóctonos. Destacan las poblaciones de trucha común que presentan unos bajos niveles de introgresión genética, por lo que pueden considerarse como las últimas poblaciones de los ríos silíceos de la cuenca del Tajo que mantienen el acervo genético original. También la presencia de especies catalogadas como la bermejuela, la pardilla, el calandino y la colmilleja.
Otras especies que se encuentran en el parque natural son el barbo común, la boga de río, el cacho. Como especies exóticas introducidas aparecen el gobio, la perca americana, el pez gato y el percasol, esta última declarada de carácter invasor.
Invertebrados
Las comunidades de macroinvertebrados acuáticos presentan un excepcional estado de conservación y diversidad en la sierra norte de Guadalajara. Se han identificado un total de 93 taxones correspondientes a 79 familias diferentes, siendo representativas de ríos de aguas frías, poco mineralizadas y prácticamente exentas de contaminación. Destaca la presencia de odonatos como Coenagrion caerulescens, Coenagrion mercuriale, Onycogomphus uncatus, Calopteryx virgo y Onychogomphus forcipatus unguiculatus.
Cabe destacar el bivalvo Pisidium amnicum, presente en el río Sorbe. En un afluente del Bornova se encuentra el bivalvo Unio delphinus.
El cangrejo de patas blancas autóctono está prácticamente extinguido en el ámbito del parque natural, sin embargo se ha detectado la presencia de especies exóticas invasoras como el cangrejo señal y, en cauces próximos, el cangrejo rojo americano, lo que compromete posibles acciones de reintroducción y conservación del cangrejo autóctono.
En relación con el grupo de los insectos, se han identificado para la el parque natural más de 450 taxones, algunos de los cuales están catalogados, como los lepidópteros Agrodiaetus fabressei, Erebia epistygne, Euphydryas aurinia, Graellsia isabelae, Lysandra caelestissima, Nymphalis antiopa, Parnassius apollo y Proserpinus proserpina; el coleóptero Lucanus cervus o el neuróptero Palpares libelluloides.
Cabe destacar la presencia de especies no catalogadas, aunque sí designadas de interés comunitario en la Directiva 92/43/CEE, como los coleópteros Cerambyx cerdo y Rosalia alpina (esta es además de interés prioritario y catalogada a nivel nacional como de interés especial), o de especies con rango de distribución restringida en la zona como Palpares libelluloides o Myrmeleon formicarius. Por último destaca la presencia de distintos taxones, no catalogados pero de reciente descripción en el territorio, como el lepidóptero Saturnia pyri, el coleóptero Perileptus barberae o los colémbolos Pseudachorutes americana tamajonensis, Pseudachorutes romeroi, Pseudachorutes guadalajarenses, Scaphaphorura corpesiensis, Isotomodes ibanezi y Folsomides ayllonensis.
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